《地下忍者》故事发生在第二战后,日本将忍者组织废除,然而仍有为数20万的忍者隐藏在现代日本社会的各个角落,执行各种暗杀或秘密任务。这些忍者使用的忍术并非超能力或魔法,而是光学迷彩服和电击棒等科技制品。该剧没有拘泥于单一的查案和悬疑路线,它更贴近于大家熟悉的刑侦剧,并融入了“扫黑”题材。剧集采用了大量篇幅来展示曲江河与孟川生复杂的兄弟情谊,要查明真相必然要背弃兄弟感情。这也让该剧的刑侦悬疑之外,融入了更多感性的元素,为演员的表演增加了不少空间。不少观众就被孟川生的变脸眼神惊吓,成为悬疑剧中不可多得的名场面。